Todo tiene que ver con la composición química de ambos.
El azúcar de mesa está hecho de dos azúcares simples (fructosa y glucosa). El carbohidrato principal en el pan es almidón. El almidón se compone de una gran cadena de glucosa.
Dado que el azúcar está hecho de estos dos azúcares simples, cuando el cuerpo los descompone, tienes componentes. Glucosa = GI 100 y Fructosa = GI 19. Entonces, si sumas los GI terminas con algo así como 60 o 65 para GI en general.
Por otro lado, cuando el organismo hidroliza el almidón con enzimas (alfa-amilasa), descompone una cadena grande en varios enlaces de glucosa individuales, cada uno con un IG de 100.
La razón por la cual el pan no tiene un GI de 100 es porque no solo está hecho de almidón, sino que contiene grasa y proteína que ralentizan la absorción de la glucosa en el torrente sanguíneo.