Al pasar de un entrenamiento de cardio de alta intensidad a un entrenamiento de resistencia de baja intensidad y larga duración, ¿es normal que aumente (al menos inicialmente) la frecuencia cardíaca en reposo?

Uno tendría que estudiar muy de cerca exactamente por qué RHR es más alto. Una posibilidad distinta es que estés sobreentrenamiento de alguna manera. Posibilidades: más intenso de lo que piensas; consistentemente cubriendo demasiada distancia; no alternar días de menor distancia / menos tiempo con entrenamientos más largos; su cuerpo no se ha adaptado al nuevo régimen; deshidración; infección menor, etc. Lo que probablemente está sucediendo es que estás produciendo exceso de hormonas del estrés.
Hipotéticamente, HIT es la mejor manera de estresar el corazón para maximizar el gasto cardíaco [frecuencia cardíaca x volumen sistólico]. El volumen sistólico es una función de varios factores, pero es aproximadamente proporcional al tamaño del corazón [en un individuo sano]. Si su corazón no está recibiendo la cantidad máxima de estimulación que solo obtiene de HIT, es posible que se haya reducido una pequeña cantidad, por lo que el volumen sistólico podría ser un poco más pequeño. Por lo tanto, para mantener un gasto cardíaco dado, la frecuencia cardíaca debe aumentar ligeramente.