¿Son todas las lentejas iguales en valor nutricional?

Bastante. Una verificación de la base de datos USDA para lentejas rojas y lentejas regulares:

http://ndb.nal.usda.gov/ndb/food…
http://ndb.nal.usda.gov/ndb/food…

muestra grasas, proteínas y calorías casi idénticas. Hay algunas diferencias menores en minerales (por ejemplo, 36 mg de calcio por 100 g para las lentejas normales, frente a 48 para las rojas), pero yo diría que estas diferencias probablemente estén dentro de la varianza de un lote a otro debido a la geografía, Práctica agrícola, etc. En general, los números están más o menos dentro del rango de los frijoles en general:

http://ndb.nal.usda.gov/ndb/food…

Coma lentejas (u otras legumbres) a su gusto; todas son buenas fuentes de proteínas y varios micronutrientes. Más allá de eso, su elección es más una cuestión de gusto y conveniencia (las lentejas se cocinan rápidamente, sin remojo); las diferencias nutricionales son bastante pequeñas.