Los alimentos fermentados se producen con materias primas pasteurizadas (como en la fabricación de yogur) o con materias primas manejadas en condiciones sanitarias adecuadas y estableciendo las condiciones de fermentación para permitir el crecimiento de los microbios deseados e inhibiendo el crecimiento de los microbios indeseables (como en productos cárnicos fermentados, productos vegetales fermentados).
Un producto fermentado producido adecuadamente no necesita pasteurización por seguridad.