Los agujeros no van a aumentar particularmente la probabilidad de que se vuelvan malos. Recuerde que cuando coloca los filetes, es probable que ya estén cubiertos de bacterias (a menos que estén empacados al vacío y congelados cuando los compró).
Es el frío lo que impide que la bacteria se propague y haga que los filetes se dañen, no la falta de aire. Por lo tanto, siempre que estén frescos cuando los congeló, probablemente todo salga bien.