El gluten contiene una inflamación crónica autoinmune (≠ infección) del revestimiento interno (mucosa) del intestino delgado, donde los alimentos después de ser digeridos se absorben en el cuerpo, lo que provoca el aplanamiento de proyecciones digitiformes (vellosidades) en este revestimiento que necesitamos para absorber nuestra comida de nuestro intestino delgado después de que haya sido digerida con la ayuda de enzimas digestivas: 
en lugar de 
Esto limita seriamente la superficie disponible para absorber los alimentos, por lo que se produce mala absorción, por lo que los niños no crecerán bien (no prosperarán), las personas tienen diarrea, pierden peso, son anémicas, tienen huesos débiles, tienen todo tipo de deficiencias y ahora sabemos, además de estas características clásicas, muchos síntomas atípicos como estreñimiento, flatulencia, dolores de estómago, etc .:
Si la enfermedad celíaca se deja en tratamiento por más de 7 años, hay una mayor probabilidad de desarrollar linfoma maligno en el intestino delgado, muy difícil de diagnosticar, lo que finalmente lleva a un cierre del intestino delgado = Ileus del intestino delgado.
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