Desde fuera. Es posible que el contenedor no haya estado tan cerrado como crees.
Otra opción es de gusanos, que provienen de huevos de mosca. O bien la comida estaba infestada de antemano, o una mosca ponía sus huevos en una pequeña abertura del contenedor por la cual no podía volar, pero a través de la cual los gusanos podían gatear una vez que salían del cascarón.