¿De dónde vienen las moscas en un contenedor cerrado con comida guardada por días?

Desde fuera. Es posible que el contenedor no haya estado tan cerrado como crees.

Otra opción es de gusanos, que provienen de huevos de mosca. O bien la comida estaba infestada de antemano, o una mosca ponía sus huevos en una pequeña abertura del contenedor por la cual no podía volar, pero a través de la cual los gusanos podían gatear una vez que salían del cascarón.