No veo ninguna razón por la cual las claras de huevo en caja serían menos seguras que los huevos enteros. Como dice John Burgess, en todo caso deberían estar más seguros.
El inconveniente de comenzar con huevos enteros y quitar las yemas usted mismo es que luego tiene que lidiar con todas esas yemas. Suponiendo que la razón por la que quiere claras de huevo es que su médico le haya indicado que evite el colesterol presente en las yemas, ahora tiene todas esas yemas inútiles que no puede comer y tiene que tirar, lo que es antieconómico.
A menos que tengas un fuerte afecto por el merengue o la torta angelfood y no te moleste el colesterol. En ese caso, algunos platos basados en crema y tortas de luna chinas requieren yemas extra, por lo que puede usarlos de esa manera.
