¿Cómo se producen comúnmente frutas híbridas como pluots, apriums, melones galia y nectaplums y plantas / frutas GMO?

Has respondido tu propia pregunta en los detalles. Todo lo que añadiría es que en algunos casos de estos híbridos interespecíficos, el cultivo de tejidos, el rescate de embriones, el duplicado de cromosomas y los pedigríes complejos (por ejemplo, cruces de puente) probablemente se utilicen para producir fertilidad.

Algunas de las especies que has descrito no son híbridos interespecíficos (el pepino limón es solo un pepino, el melón galia es un melón). También vale la pena mencionar que los albaricoques, las ciruelas y las nectarinas también son grupos de especies / subgéneros. Por cierto, las nectarinas no son más que melocotones sin pelusa (incluso se pueden encontrar nectarinas como “deportes” mutacionales en una sola rama de un árbol de durazno).

Casi nada que se cultive ocurriría en la naturaleza. La agricultura es un esfuerzo impulsado por los humanos, como lo es la crianza.

La selección artificial (reproducción convencional) es un proceso muy artificial. Incluso la mayoría dentro de las cruces de especies nunca se seleccionaría en la naturaleza. Las pocas excepciones que vale la pena mencionar son probablemente las plantas ornamentales y las especies invasoras.
Mira esto.

Dicho esto, el origen del trigo harinero y el algodón moderno son algunos de los ejemplos clásicos de hibridación interespecífica natural que posteriormente se explotaron para el cultivo y la reproducción humana. El algodón es particularmente interesante, ya que debe haber llegado a través de la migración transoceánica interespecífica y la hibridación.
Ver la respuesta de Justin Ma a ¿Cuál es el beneficio evolutivo de ser poliploide?