Si bien la mayoría de las bacterias se ven afectadas por los ácidos, algunos moldes no les molestan y colonizarán los jugos cítricos.
El jugo también puede dañarse por la exposición a la luz.
Finalmente, los aceites en el jugo de limón pueden volverse rancios por la oxidación.
Los jugos de cítricos embotellados generalmente tienen un conservante agregado: benzoato de sodio o metabisulfito de sodio o sulfito de sodio. También recomiendan que el jugo se refrigere una vez abierto.