¿Dormir tarde y despertarse tarde altera el cerebro de alguna manera? ¿Puede conducir a pensamientos negativos / extraños?

No necesita. Pero si este programa se prolonga por mucho tiempo, afecta el ciclo de sueño, la inmunidad y los impactos en la salud. Esto es totalmente reversible si uno vuelve al patrón de sueño normal. El problema surge porque los relojes internos de tu cuerpo tienen un ritmo natural e intentan corregirlo desde señales externas como la alimentación, la luz solar, la temperatura, etc. Por lo tanto, cuando duermes tarde y te levantas tarde: la alimentación normal (niveles de hambre, horarios cuando tienes la comida) la luz del sol, etc. cambia. Por lo tanto, las secreciones y el ritmo hormonales se modifican levemente. Esto está bien por una cierta cantidad de tiempo, pero si miras a largo plazo, esto altera el comportamiento. Las personas se vuelven irritables, somnolientas durante el día, comportamiento inadecuado del intestino, etc.
Incluso el proceso de pensamiento (vigilancia, atención, etc.: hacemos estudios en modelos animales) se ve afectado.