¿Duele un teléfono si la computadora se queda dormida mientras se carga?

Nop. Ni siquiera un poquito.

Cuando su computadora está dormida, todavía proporcionará energía a los puertos USB, por lo que su teléfono seguirá cargándose. (Su teléfono también tiene circuitos que lo protegen de la sobrecarga, por cierto).