Añadiendo a la respuesta de Liang, todas las bacterias que habitan permanentemente en cuerpos sanos serían útiles, y es por eso que nuestro cuerpo las tolera y las mantiene cerca.
Específicas para nuestro tracto gastrointestinal, las bacterias nos ayudan a descomponer ciertas moléculas de alimentos grandes para las que no tenemos enzimas. Esto nos permite absorber ciertos nutrientes que de otro modo se desmayarían. Esta es una relación mutuamente beneficiosa, donde estas bacterias tienen un ambiente propicio para vivir y crecer, mientras recibimos dichos nutrientes.
De manera más general, tenemos otras bacterias en nuestra piel y GIT que colonizan esa parte de nuestro cuerpo. Estas especies son inofensivas para nosotros, y de hecho ayudan a combatir otras bacterias posiblemente más dañinas con su presencia.
Otro grupo de bacterias que vive en nuestro cuerpo no es inofensivo, pero su presencia continua entrena nuestro sistema inmunológico para reconocer la forma en que nos atacan (Patrón molecular asociado a patógenos) y permite que nuestro sistema inmunológico contrarreste el mismo proceso para CADA otra familia de bacterias que utiliza ese mismo patrón.
Las bacterias transitorias, por otro lado, existen temporalmente, es decir, cuando alguien nos estornuda o tocamos algo. Sirven poco, y un buen lavado de manos los eliminaría.
Los tres primeros son las principales funciones de las bacterias permanentes en nuestros cuerpos. Sin embargo, no todos son arcoíris y unicornios, porque algunos se aprovechan de un sistema inmune debilitado y se multiplican más allá de lo normal, y esto causa estragos en su cuerpo (patógenos oportunistas). H. Pylori, por ejemplo, es inofensivo y se puede encontrar en el estómago. Bajo ciertas condiciones de inmunodeficiencia (como el estrés), pueden causar úlceras estomacales.
