Responderé a su pregunta en términos de aviación comercial ya que en el ejército es un protocolo de emergencia estándar para que los pilotos se eyecten si saben que su vida está en peligro.
En la aviación comercial, la cubierta de vuelo es administrada por el Capitán y su primer oficial. Si en la rara situación en que un piloto se encuentra en medio de un desastre total, él o ella está entrenado muy bien para mantener la seguridad de sus pasajeros y tripulación primero y también la expulsión de un avión (especialmente uno comercial) es innecesario porque la aviación , en este momento, es lo más seguro que ha existido y los aviones están muy bien diseñados. A los pilotos se les enseña cómo enfrentar cualquier tipo de emergencia que puedan enfrentar a bordo de un avión de la vida real y están bien entrenados para ello. Entonces, si en el improbable caso de que el avión tenga problemas, el capitán (la mayoría) tiene la situación bajo control.
Una cosa más que me gustaría agregar aquí es que los aviones de aviación comercial vuelan a alturas de alrededor de 30-40k pies ASL. A esta altura, es necesario presurizar la cabina para simular el entorno de vuelo a 8000 pies. Si el piloto fuera a eyectarse, provocaría una despresurización rápida en la cabina, lo que complicaría aún más las cosas.
