¿Por qué a veces escuchamos un fuerte golpe imaginario al final de un ciclo de sueño a la medianoche?

Se llama “síndrome de la cabeza explosiva”. Es una parasomnia, relacionada con la parálisis del sueño, el sueño caminando, los terrores nocturnos, etc. Es básicamente una alucinación auditiva. Como dices, generalmente ocurre al final de un ciclo de sueño.
Puede leer más sobre este “síndrome de la cabeza explosiva” y otras parasomnias en la página de Wikipedia:
Parasomnia – Wikipedia

Para mí, es un timbre de puerta. Me levanto solo sabiendo que escuché el timbre de la puerta. Entonces, lo pienso. Si sonaba el timbre de la puerta, mi perro estaría perdiendo la cabeza. Como todavía está durmiendo profundamente, me doy la vuelta y vuelvo a dormir. No tengo explicación de por qué oyes el golpe de una puerta y escucho el timbre de la puerta. Absolutamente no hay pista.

Se llama “Síndrome de cabeza explosiva”. Puedes buscarlo en Google. También puede ocurrir al inicio del sueño. La gente escucha varios sonidos: golpes, golpes, gruñidos, etc. Es inofensivo.