¿Hay alguna diferencia entre cómo el cuerpo metaboliza la vitamina C de las frutas en comparación con la vitamina C – tabletas?

Hablando químicamente, no.
Sin embargo, podría haber más sustancias aún desconocidas en la fruta que podrían ejercer efectos beneficiosos sobre su salud, por lo tanto, al comparar los efectos de una vitamina sintética o el efecto de la fruta entera, podría ser diferente.
Una vez leí acerca de este efecto en un estudio de vitamina E (puede recuperarlo ahora) donde solo se observó un efecto beneficioso cuando la vitamina E no se ingirió como tableta, sino en algunos alimentos donde estaba presente abundantemente.

No, no hay.

La diferencia es que no se puede obtener vitamina C de la fruta como un solo químico y otras sustancias de la fruta (vitamina P, flavonoides, azúcar, etc.) influyen en la absorción y la biodisponibilidad.

Esto no es necesariamente en una buena dirección: el azúcar, por ejemplo, bloquea la vitamina C mientras que algunos flavonoides la mejoran.