Depende, para un uso puntual, diría shisha, porque el humo de la shisha puede contener hasta 7 veces más monóxido de carbono que el humo del cigarrillo, y 50 caladas de shisha equivalen aproximadamente a 40 cigarrillos.
Ahora, personalmente, conozco a nadie que use shisha todos los días, apenas puede llevarlo al trabajo, en su automóvil. Además, al contrario que una shisha, los cigarrillos tampoco requieren preparación para ser fumados, están disponibles en cada momento. Así que los cigarrillos están más diseñados para un uso regular, y el uso regular es lo que causa, en una perspectiva a largo plazo, un riesgo tangible a la salud.
Para resumir, a corto plazo: shisha, a largo plazo: cigarrillos.