De ninguna manera califico para responder esta pregunta. Pero creo que es porque respiras mucho cuando corres. Debido a que estás corriendo y respirando pesadamente, mi suposición sería que el tubo de Eustache, aquí hay una imagen, 
se está abriendo cuando estás corriendo. Su oreja explota porque, mientras respira con dificultad, creo que el aire mueve el tímpano, ya que el aire en sus tubos se está moviendo. Tenga en cuenta que su cuerpo se mueve hacia arriba y hacia abajo al mismo tiempo. Esa es mi explicación adivinar por qué se te salen los oídos.
(No tengo idea de cómo funciona esto. Me voy puramente fuera de la lógica y de esta imagen para explicar las partes anatómicas).
Sus oídos probablemente duelen porque el aire frío que se mueve en sus tubos reemplaza el calor cálido, que probablemente termine haciéndolo sentir extraño, haciéndole daño.
Espero que esta respuesta tenga sentido. Si hay algún médico que responda esta pregunta, hágame saber qué tan preciso era. Tengo curiosidad
