¿Por qué el sistema inmunitario humano reacciona de forma exagerada a sustancias inofensivas a pesar de que el sistema inmunitario puede desarrollar resistencia a la mayoría de los medicamentos?

Con el propósito de responder su pregunta, primero lo re-expresaré un poco

¿Por qué el sistema inmunitario desarrolla alergias a sustancias inofensivas, pero el cuerpo humano parece desarrollar resistencia a algunos medicamentos?

El desarrollo de alergias es un tema muy complicado. Las respuestas a los alérgenos son más similares a las respuestas inmunes normales a organismos parásitos y toxinas. Una hipótesis general como la naturaleza evolutiva de las alergias es que los alérgenos pueden compartir una estructura proteica similar a algunas proteínas de los parásitos. Parece que hay algunos datos para apoyar esta hipótesis. Para que los parásitos infecten a un huésped, primero deben cruzar barreras físicas como la piel o el epitelio intestinal, para ello expresan una gama de proteínas llamadas proteasas. Las proteasas son proteínas que pueden descomponer el tejido. Casualmente, muchos alérgenos parecen tener actividad de proteasa, y como tal el sistema inmune responde a ellos como si fueran de un parásito mientras que de hecho son algo totalmente inofensivo como un árbol.

Hay algunas partes de la respuesta a la segunda mitad de esta pregunta. Primero, es importante recordar que las respuestas alérgicas a los medicamentos son bastante comunes. Cada vez que ingresa en el hospital, una de las primeras preguntas que le hacen los médicos es “¿Es alérgico a algún medicamento?”. La alergia a los medicamentos no comparte la misma historia evolutiva que la alergia al polen, etc. Por el contrario, las respuestas inmunes a los fármacos son más similares a las toxinas, como los venenos, y las toxinas derivadas de plantas como la hiedra venenosa. Finalmente, la resistencia a los medicamentos no siempre está relacionada con el sistema inmune. Por ejemplo, la intensificación de dosis con analgésicos es necesaria para el mismo nivel de eficacia del fármaco a lo largo del tiempo. Esto no tiene nada que ver con el sistema inmune, sino que es el resultado de cambios en los niveles de expresión del receptor del fármaco en el cerebro.

La reacción excesiva a la sustancia aparentemente inofensiva de nuestro sistema inmune sería el resultado de la evolución. Mantener ese tipo de sistema (educación tímica de anergia y, a veces, falta algo) podría ayudar a que nuestra especie sobreviva.
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Por cierto, la resistencia a la medicación (especialmente las drogas químicas de molécula pequeña) no está relacionada con nuestro sistema inmune.