El envenenamiento puede ocurrir por ingestión, inhalación o absorción de la piel por lo que es mejor usarlo en áreas bien ventiladas y se recomiendan guantes de protección. Alrededor de 15 g de alcohol isopropílico pueden tener un efecto tóxico en un humano de 70 kg si no se trata. Sin embargo, no es tan tóxico como el metanol o el etilenglicol.
Según la MSDS, el isopropanol no es carcinógeno, se desconoce si es un mutágeno o un teratógeno, y es una posible toxina del desarrollo. Puede , con la exposición repetida, dañar el hígado, la piel y el sistema nervioso central.
Con respecto a la proteotoxicidad, lipotoxicidad o genotoxicidad, no hay evidencia reportada con respecto a los primeros dos y no parece tener ninguna genotoxicidad.
Se puede encontrar una buena fuente de información sobre toxicidad en toxnet. Específicamente, para isopropanol ver Biblioteca Nacional de Medicina Base de Datos HSDB