Depende. Si se refiere a los efectos sobre la salud de cada uno por separado, usted está diciendo, en efecto: “[Ambos] fumar y beber [ es decir, dos cosas diferentes] son perjudiciales”. Si se refiere a los efectos sobre la salud de ambos en combinación, está diciendo, en efecto, “[El efecto combinado de] fumar y beber es perjudicial”.
Para evitar confusiones, es útil agregar una o dos palabras para indicar si se refiere a la primera o a la segunda, pero dado que fumar y beber se citan con frecuencia por separado como riesgos para la salud, por diferentes razones, la mayoría de las respuestas a esta pregunta el plural “are” fue el verbo correcto.
