Se han realizado un par de estudios para responder esta pregunta. Mary Shomon tiene una sinopsis en su artículo The Best Time to Take Thyroid Medication.
El estudio original de 2010, con un PDF descargable, está disponible aquí:
Efectos de la ingesta nocturna de levotiroxina frente a la mañana
Encontrará información adicional en las referencias en la parte inferior de la página.
La conclusión del estudio es que la levotiroxina tomada antes de acostarse mejoró significativamente los niveles de hormona tiroidea. Las variables de calidad de vida y los niveles de lípidos plasmáticos no mostraron cambios significativos con la ingesta a la hora de acostarse frente a la ingesta por la mañana. Los médicos deben considerar la prescripción de la ingesta de levotiroxina a la hora de acostarse.
Por un tiempo, tomé el mío por la noche, pero me resultó más conveniente tomarlo por la mañana. Estoy convencido, sin embargo, de que la dosificación nocturna es superior, así que si puedo encontrar la manera de adaptarla a mi horario, lo haré de nuevo.