Esto depende de la prueba. Al igual que existen diferentes maneras de analizar la sangre y la orina para obtener resultados, existen diferentes maneras de analizar las muestras de heces para determinar si hay procesos de enfermedad.
1) Una prueba muy simple que está ampliamente disponible para el público es la prueba de sangre oculta (oculta). Se aplica un pequeño frotis de heces a una estera especial. Se coloca una tableta química (o una tira reactiva combinada) encima del frotis. Se aplican unas gotas de reactivo (reactivo químico) a la tableta. Una reacción de color azul indica que hay hierro libre en las heces.
2) El examen de parásitos y sus huevos requerirá que la muestra de materia fecal se “lave” para eliminar las partículas. Luego, el líquido se centrifuga a alta velocidad en una centrífuga para concentrar cualquier parásito o huevo parásito. Se prepara una diapositiva microscópica a partir de ese botón de desechos en el fondo del tubo. Puedes ver la pequeña parte blanca en el cono del tubo, ese es el concentrado que se usa.
(Esto no es exactamente lo que parece. Es solo la mejor representación de lo que trato de explicar).
Para infecciones bacterianas / fúngicas, pueden ser necesarias múltiples muestras durante varios días. Estos se colocan en placas y se replatifican durante varios días. Al usar diferentes medios de cultivo, se pueden identificar las bacterias que causan la enfermedad. Una vez que se determina qué tipo de bacteria está causando los síntomas, la bacteria se disemina en un plato especial. Se aplican discos de antibióticos. Dondequiera que la bacteria no crece, indica el medicamento que matará a esa cepa de bacterias en particular.
El chapado de un espécimen 
Discos antibióticos en un cultivo puro. Observe las diferentes zonas de crecimiento / resistencia a los antibióticos. 
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3) Hay ciertas enfermedades (a veces genéticas) que causan que determinados productos se excreten en las heces. Por lo general, se requerirá que se recoja una muestra de heces de 3 días en una lata estéril, como una lata de pintura. La lata se pesará, por lo que esa cifra se puede restar del peso total después de la recolección.
Después de la recolección, la muestra se pesa con precisión en una escala científica.
Escala científica, leyendo hasta 2 decimales. 
Entonces, cualquiera que sea el procedimiento para ese error particular en el metabolismo se aplica a la muestra. Usualmente hay extracciones para determinar cantidades mínimas. Estas pruebas son como seguir una receta complicada. Y cada receta para cada metabolito o anormalidad es individual.
Estas pruebas no son comunes, ya que estas enfermedades son raras. Y a menudo estos tienen análisis de sangre que se utilizan para el diagnóstico. Las pruebas de heces son bastante raras.
Error innato del metabolismo
Generalmente, las muestras de materia fecal no son tan diagnósticas. Es por eso que hay muchos más análisis de sangre y orina que los exámenes fecales.
Programas de televisión donde personas como Gillian Keith (Eres lo que comes) examinan las muestras de heces de las personas son falsas. Ese tipo de pruebas es en gran medida inútil, y da una falsa impresión al público sobre lo que constituye una prueba de laboratorio para el diagnóstico.
