No sé qué mamíferos comparas (por ejemplo, gatos vs. vacas o adultos vs. juveniles) pero hay dos factores ecológicos principales en juego.
La primera es que la mayoría de los mamíferos duermen (o se vuelven tórpidos) cuando no hay ganancia que obtener estando despierto. Un buen ejemplo de esto son los murciélagos que podrían, en principio, cazar insectos durante el día, pero ese nicho ya está bien ocupado por las aves. La selección ha favorecido adaptaciones en murciélagos que los hacen más eficaces cazadores nocturnos. Los murciélagos duermen durante el día porque no hay beneficio de tener actividad física en ese momento.
El segundo factor se conoce como la ley de Kleiber 
que dice (más o menos) que el área de superficie radiante de un animal sube más lentamente que su volumen (asumiendo una vaca esférica, como dice la broma). Dado que los mamíferos son homeotermos, es más costoso energéticamente ser pequeño que grande. Si no puede dedicar su tiempo a obtener alimentos y es pequeño, lo mejor que puede hacer es esconderse y conservar energía.
Aunque no son mamíferos, los colibríes son un gran ejemplo de pequeño tamaño y alto metabolismo. Como me lo enseñó un etólogo, al amanecer, los colibríes se enfrentan a la opción de alimentarse o morir y, por lo tanto, son bastante agresivos con su desayuno.