Respuesta corta: no.
Los antibióticos actúan directamente sobre las bacterias; como consecuencia del uso excesivo de antibióticos y de que los pacientes no finalicen su ciclo de tratamiento, tendemos a seleccionar mutaciones que sean resistentes al antibiótico en cuestión.
Las vacunas no actúan directamente sobre los virus, sino que promueven una respuesta inmune, educando eficazmente al sistema inmunitario del paciente utilizando fragmentos de proteínas o una versión atenuada del virus. Los virus pueden mutar y, por lo tanto, hacer que una vacuna determinada sea menos efectiva (o incluso completamente ineficaz), pero esta mutación no es consecuencia de las vacunas, sino consecuencia de la mutación espontánea, el intercambio génico o (por desgracia) la bioingeniería.