A menudo es muy difícil descubrir muy temprano en el curso de la enfermedad, la presencia de una infección fúngica sistémica, especialmente en pacientes inmunocompetentes (pacientes con inmunidad normal). La infección fúngica sistémica en tales individuos típicamente tiene un curso crónico; son raras y generalmente progresan lentamente. Pueden transcurrir meses antes de que se busque atención médica o se realice un diagnóstico. Los síntomas rara vez son intensos, pero a veces pueden presentarse fiebre, escalofríos, sudores nocturnos, pérdida de apetito y pérdida de peso. Varios órganos pueden estar infectados, causando síntomas y disfunción.
Sin embargo, algunas infecciones fúngicas tienen una distribución geográfica característica, y por lo tanto los viajeros pueden manifestar la enfermedad en cualquier momento después de regresar de áreas endémicas. El diagnóstico se realiza con la ayuda de hemocultivos y pruebas serológicas. Las pruebas serológicas buscan anticuerpos contra diferentes tipos de hongos que causan infecciones fúngicas sistémicas o micosis, como a veces se llama. Los ejemplos comunes de tales hongos incluyen Aspergillus, Candida, Cryptococcus e Histoplasma.
Si un médico sospecha de una infección por hongos de este tipo, generalmente obtiene un historial detallado de viajes y residencia para determinar si los pacientes pudieron haber estado expuestos a ciertas micosis endémicas, tal vez años antes.
A veces, el estudio de las infecciones por hongos se puede identificar a través de histopatología. Significa estudiar los tejidos de los tejidos afectados bajo el microscopio. Se obtienen muestras para cultivo de hongos e histopatología, como muestras de esputo, tejido pulmonar obtenido mediante biopsia.