Solo una pequeña fracción de las personas con HLA-B27 alguna vez contrae artritis. El grupo de espondiloartritis de la cual la espondilitis anquilosante es el arquetipo comienza en “entesis”, que son sitios donde los músculos y los tendones se unen al hueso y las articulaciones sacroilíacas tienen un montón de sitios entesales. Normalmente las entesis tienen una población residente de células T inmunitarias dormat que se caracterizan por la ausencia de marcadores CD4 y CD8 (células T negativas dobles) que al ser activadas por la citocina IL23 comienzan a proliferar y producir IL17 que orquesta adicionalmente la artritis. La fuente de IL23 es generalmente el resultado de infecciones, generalmente en el intestino. Cómo se activa IL23 en la espondilitis anquilosante y el papel de HLAB27 sigue siendo un misterio.
La conexión más probable entre HLA-B27 y la artritis es que HLA-B27 altera la composición y la respuesta de la flora intestinal. Y las interacciones entre la flora intestinal y el sistema inmune del intestino pueden estar conduciendo a la enfermedad. Esta sigue siendo un área activa de investigación.
Otro mecanismo es la hipótesis de plegamiento erróneo HLA-B27. A diferencia de otras moléculas de clase I (HLA-A, B y C), B27 es propenso a un mal plegamiento y la posterior expresión de la superficie celular como homodímeros. Mutaciones en la molécula chaperona (proteínas que guían el plegamiento de otras proteínas) ERAP afecta la expresión de los homodímeros y las mutaciones ERAP influyen en el riesgo de pacientes con positividad para HLA-B27 que desarrollan espondilitis anquilosante. Sin embargo, cómo este mal plegamiento (y el estrés del retículo endoplásmico resultante) resulta en artritis es poco conocido. Esto nuevamente es un área activa de investigación.