Si el problema es solo la piel de la manzana, podría tratarse de pesticidas u otras cosas en la superficie de la manzana, en ese caso, lavar, pelar y lavar, secar y comer.
Si reaccionas a la manzana y la cocción resuelve el problema, probablemente sea el síndrome de alergia oral, que es una afección leve relacionada con la alergia. Puede convertirse en algo más serio, aunque generalmente no lo hace. No sé si la inmunoterapia funcionaría para algo como esto y solo puedo recomendar evitar la manzana cruda.