¿El áloe vera deja de funcionar después de usarlo, ya que las bacterias se acostumbran?

No, no es así. Estamos más preocupados por los efectos que no sean matar bacterias que hace el aloe vera.
Los beneficios del aloe vera son más debido a su composición química que ayuda a la digestión y neutraliza el pH del estómago.
Básicamente no mata a muchas bacterias, pero cambia la condición requerida para que las bacterias sobrevivan.
Sames va por la piel. En la piel es una excelente crema hidratante junto con los mencionados anteriormente.